Rosenkors-Ordenen ble først kjent for allmennheten på begynnelsen av 1600-tallet gjennom utgivelsen av skriftene Fama Fraternitatis (1614) og Confessio Fraternitatis (1615) i Tyskland. Hvem som sto bak innholdet og publiseringen av disse manifestene, er det ingen som den i dag i dag, kan si noe sikkert om. Imidlertid har det vært mange spekulasjoner, bl.a. at det skal ha vært iscenesatt av Francis Bacon, den ellers kjente britiske forskeren, som også arbeidet som lord Chancellor for dronning Elizabeth I. Dette kan meget vel ha vært tilfelle, både fordi Bacon var grunnleggeren av den vitenskapelige metode innen forskningen, en metode som den dag i dag, er anerkjent som den beste og sikreste, og derfor fremdeles anvendes. Men også ikke minst fordi, at det å ha esoteriske tanker og ideer tidlig på 1600 tallet, var svært farlig både i den katolske og Lutherprotestantiske delen av Europa. Ved å gå offentlig ut med det innhold man finner i disse Rosekorsmanifestene, ble man fengslet, torturert og henrettet for "kjetteri. I 1616 ble det også utgitt et anonymt skrift under tittelen Christian Rosenkreuz` kymiske bryllup. 

Imidlertid skriver forfatterne av bestseller-boken "The Holy Blood, and the Holy Grail", Michael Baigent, Richard Leigh og Henry Lincoln at, Rosenkorsorden i Europa, går helt tilbake til 1188, hvor en fransk borgherre i Normandie, Jean de Gisors, sammen med noen andre i hans nære krets, startet Rosenkorsordenen, som et hemmelig selskap av innviede og innflytelsesrike brødre. Hvor vidt man skal feste lit til dette, vet man foreløpig ikke.

Det er mange som seriøst mener, at Rosenkorstradisjonen må sees i sammenheng med oppblomstringen i Frimureriet i samme tidsepoke. Det er imidlertid ikke riktig, da man heller kan snu på det med å si, at det oppsto en Rosenkors impuls innenfor de ulike frimurerlosjer som vokste frem over hele Europa, og siden det amerikanske kontinent. 

Den esoteriske visdommen som finnes i Rosenkorsfilosofien, spores tradisjonelt tilbake til mysterieskolene i det gamle Egypt og Babylonia, ja sågar helt tilbake til farao Akhenaton i Egypt, så langt tilbake som 1375-1338 f.Kr. Ordet "esoterisk" stammer fra det greske esoterikos, som betyr en viten forbeholdt en krets av utvalgte mennesker, det vil si de innviede. "Mysterier" kommer fra det greske mysteria, som betyr å holde hemmelig. Fra de store kulturene i Egypt og Babylonia kan vi følge kunnskapens utbredelse til antikkens Grekenland, Midtøsten, Romerriket og inn i middelalderens Europa. Den esoteriske visdommen kom til uttrykk gjennom flere slags tros- og tankeretninger. I renessansen skapte Rosenkorsordenen (eller Rosenkreuzerne som de het den gang) en syntese av de forskjellige retningene. Det ble utarbeidet et helhetlig system med elementer fra gnostisk kristendom, antikkens filosofi og mysteriekulter, jødisk mystikk (kabbalah) og alkymi. Undervisningen ble ordnet i grader som de studerende gjennomgikk. Hver grad inneholdt også bestemte øvelser for utvikling av psykiske evner.

I dag finnes det flere rosenkorsordener, og som de fleste hevder kan føre sin historie og tradisjon helt tilbake til publiseringen av manifestene tidlig på 1600 tallet. Dette er ordener som Rudolf Steiners antroposofi, Societas Rosaecrusiana in Anglia (1865-), Den Hermetiske Orden av det Gylne Daggry (Order of the Golden Dawn 1887-1901), The Rosicrusian Fellowship (1911-) Lectorium Rosicrusianum (1935-), Rosenkorsordenen A.M.O.R.C. (1915-) og Soltempelet (1976-1997)